獐子岛渔业一直致力于科技创新，与中国科学研究院、中国水产科学研究院、中国海洋大学等高等院校建立了战略合作关系，产业化创新能力显著提升，先后被认定为“首批国家级企业技术中心”、“全国第二批创新型试点企业”、“三农”科学发展奖等多项荣誉。近10年来，公司先后承担国家863计划、科技支撑计划等数十项重要科技攻关项目，仅获得省部级以上奖项的就达10余项，其中《皱纹盘鲍杂交育种技术及其养殖工艺体系》、《贝类精深加工关键技术及产业化》两个项目获得国家科技进步二等奖，同时公司注重知识产权保护，已持有专利54项。